Tài liệu Chức năng của miR-146b-5p trong Chondrocyte

Nội dung text: Tài liệu Chức năng của miR-146b-5p trong Chondrocyte

1. Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 5 Chức năng của miR-146b-5p trong Chondrocyte Potential function of miR-146b-5p in Chondrocyt Lê Huyền Ái Thúy1, Lê Thị Trúc Linh1* 1Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam *Tác giả liên hệ, Email: linh.ltt@ou.edu.vn THƠNG TIN TĨM TẮT DOI:10.46223/HCMCOUJS. MicroRNA (miR, miRNA) là một phân tử RNA nhỏ cĩ chiều tech.vi.16.1.1795.2021 dài từ 20 đến 25 nucleotide quy định sự biểu hiện của gene bằng cách liên kết đặc hiệu với trình tự 3’UTR trên mRNA đích. Trước đây, chúng tơi nhận thấy miR-146b-5p tuần hồn tăng đáng kể trong huyết thanh của bệnh nhân Thối Hố Khớp (THK) và cĩ Ngày nhận: 07/04/2021 thể cĩ tiềm năng rất lớn để chẩn đốn bệnh sớm. Tuy nhiên, chức năng của miRNA này trong THK vẫn chưa được biết và cần được Ngày nhận lại: 20/04/2021 xác định. Vì vậy, nghiên cứu này được thực hiện nhằm xác định Duyệt đăng: 25/05/2021 chức năng miR-146b-5p trong tế bào chondrocyte. Cơng cụ tin sinh học được thực hiện để dự đốn các con đường tín hiệu tiềm năng cĩ tương tác với miRNA-146b-5p trong tế bào chondrocyte. Trong đĩ dữ liệu giải trình tự thế hệ mới cho mRNA cĩ thể được biểu hiện trong tế bào khớp cĩ sẵn trước đĩ được sử dụng. Dữ liệu cho thấy miR-146b-5p cĩ thể tương tác với một số con đường tín hiệu quan trọng bao gồm Wnt, Notch, Toll like receptor, P38 Từ khĩa: MAPK, Anti apoptosis, Adhesion, Cadherin, Intergin. Do đĩ, sự chức năng; chẩn đốn; biểu hiện bất thường của microRNA 146-5p cĩ thể dẫn đến đến microRNA tuần hồn; miR- thối hố khớp ít nhất cĩ thể là do rối loạn các đường truyền tín 146b-5p; thối hố khớp hiệu này. ABSTRACT MicroRNA (miR, miRNA) is a small RNA molecule between 20 and 25 nucleotides in length that regulates gene expression by specifically binding to a sequence in 3’UTR on the target mRNA. We previously found circulating miR-146b-5p increased significantly in the serum of patients with Osteoarthritis (OA) and might have huge potential for early disease diagnosis. However, the function of this miRNA in OA was still unknown and needs to explore. This research aimed to identify miR-146b- 5p function in chondrocyte. Bioinformatics was performed to predict the potential signaling pathways miRNA-146b-5p Keywords: interacting in chondrocyte in which Next-generation sequencing circulating microRNA; data available for mRNA expressed in primary cells. Data showed diagnostic; miR-146b-5p; that miR-146b-5p could interact with several crucial signaling osteoarthritis pathways, including Wnt, Notch, Toll like receptor, P38 MAPK, Anti apoptosis, Adhesion, Cadherin, Intergin. Therefore,
2. 6 Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 abnormal expression of microRNA 146-5p could lead to osteoarthritis at least through the disorder of these signaling pathways. 1. Giới thiệu MicroRNA là một nhĩm RNA cĩ kích thước từ 20 đến 25 nucleotide, cĩ chức năng điều hịa biểu hiện gene bằng cách gắn đặc hiệu với một trình tự trên mRNA đích (Bartel, 2004). Sự biểu hiện bất thường của các miRNA trong bệnh THK đã được chứng minh trong nhiều nghiên cứu (Díaz-Prado et al., 2012; Le et al., 2016; Nakamura, Inloes, Katagiri, & Kobayashi, 2011). MicroRNA tuần hồn là các miRNA được phát hiện trong các dịch ngoại bào của cơ thể như máu ngoại vi (huyết tương, huyết thanh), dịch hoạt khớp, nước tiểu hoặc nước bọt. MicroRNA tuần hồn cĩ thể là sản phẩm phụ của tế bào hoặc là phân tử trung gian trong con đường truyền tín phản ảnh tình trạng bệnh lý của tế bào (Turchinovich, Samatov, Tonevitsky, & Burwinkel, 2013). MicroRNA tuần hồn là phân tử tiềm năng trong chẩn đốn bệnh và điều trị bệnh do phân tử này rất bền khi lưu thơng trong máu, thời gian bán rã dài (khoảng 05 ngày trong huyết thanh) (Gantier et al., 2011), khơng bị phân hủy bởi Rnase, cĩ thể duy trì ổn định ở nhiệt độ phịng và trong các điều kiện bất lợi của việc giải đơng nhiều lần (Chen et al., 2008; Mitchell et al., 2008), đặc biệt là việc lấy mẫu khơng gây xâm lấn ở bệnh nhân. MicroRNA tuần hồn đã được chứng minh là dấu chứng sinh học quan trọng cho nhiều bệnh như tiểu đường type II (Guay & Regazzi, 2013), Parkinson, cao huyết áp, lỗng xương, ung thư (Kumar, Vijayan, Bhatti, & Reddy, 2017). Rất nhiều nghiên cứu đã tìm thấy sự biểu hiện bất thường của miRNA tuần hồn ở người bệnh THK so với người bình thường. Các miRNA biểu hiện quá mức trong huyết tương của bệnh nhân THK bao gồm miR-16, miR-20b, miR-19c, miR-30b, miR-93, miR-126, miR-184, miR-186, miR-195, miR-345 và miR-885-5p (Cuadra, González-Huerta, Romero-Cordoba, Hidalgo-Miranda, & Miranda-Duarte, 2014), miR-146a, miRNA-19b-3p, miR-122-5p và miR- 486-5p. MicroRNA giảm biểu hiện ở huyết thanh bệnh nhân THK là miR-132, miR-33b-3p, miR-140-3p và miR-671-3p (Ntoumou et al., 2017), miRNA-19b-3p, miR-122-5p và miR-486- 5p tăng trong huyết thanh mẫu THK (Kong, Gao, Si, & Zhao, 2017). Các nghiên cứu sau này tiếp tục tìm ra các miRNA khác cĩ biểu hiện bất thường giữa người bệnh THK và người bình thường (Ali et al., 2020; Feng et al., 2020; Rousseau et al., 2020; Xie et al., 2019). Tại Việt Nam, chúng tơi đã xác định miR-146b-5p tăng trong THK và là phân tử tiềm năng hỗ trợ trong chẩn đốn THK trong tương lai. Tuy nhiên, trước khi tiến hành xây dựng quy trình chẩn đốn sử dụng trong lâm sàn, việc xác định chức năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp cung cấp thơng tin làm nền tảng để khẳng định tiềm năng của miR-146b-5p như cơng cụ chẩn đốn bệnh. Chức năng của miRNA được thực hiện thơng qua sự tương tác giữa vị trí seed site trên miRNA và trình tự mục tiêu của nĩ trên vùng 3’UTR của mRNA. Cĩ nhiều cơng cụ tin sinh học cĩ thể dự đốn được các mRNA thơng qua xác định sự tương tác này. Tuy nhiên, số liệu thu được từ sự tương tác này thường rất nhiều với nhiều trường hợp khơng chính xác khi kiểm chứng lại bằng thực nghiệm. Một trong những nguyên nhân là do một số mRNA chỉ được biểu hiện trong một loại tế bào cụ thể. Do vậy, trong nghiên cứu này chúng tơi thực hiện xác định chức năng của miRNA 146b-5p giới hạn trong tế bào khớp. Kết quả phân tích cho thấy miRNA-146b- 5p cĩ thể tương tác với một số con đường truyền tín hiệu quan trọng. Từ đĩ, cĩ thể thấy sự biến đổi bất thường của miR-146b-5p cĩ thể là nguyên nhân dẫn tới những thay đổi bất thường trong tế bào khớp và từ đĩ dẫn tới bệnh.
3. Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 7 2. Vật liệu và phương pháp 2.1. Các cơng cụ tin sinh học sử dụng để xác định vị trí di truyền của miR-146b-5p Vị trí của miRNA-146b-5p được xác định bằng cơ sở dữ liệu Gene của NCBI (n.d.), miRBase (n.d.). 2.2. Dự đốn các đích trực tiếp của miRNA-146b-5p Trình tự 3’UTR của các mRNA trong bộ gene được tải về từ cơ sở dữ liệu Ensembl Genome browser (n.d.). Các mRNA cĩ vị trí gắn của mRNA 146b-5p được xác định bằng R- Studio. 2.3. Dự đốn chức năng của miRNA-146b-5p Dự đốn chức năng của miRNA-146b-5p bằng David Bioinformatics Resources (n.d.) và Panther (n.d.). 3. Kết quả nghiên cứu và thỏa luận 3.1. Kết quả 3.1.1. Vị trí di truyền của miR-146b-5p Thực hiện xác định vị trí của miR-146 trên bộ gene người bằng cơ sở dữ liệu Gene của NCBI. Vị trí của miR-146b trên bộ gene người thể hiện trong Hình 1. Hình 1. Vị trí của miR- 146b-5p trên bộ gene người MicroRNA 146 nằm trên NST số 10, mã số NR_030169.1 tại vị trí 102,436,512 đến 102,436,584 cĩ kích thước 73 nucleotide (Hình 1). MiR-146b khơng nằm trong vùng mã hố của bất kỳ một gene này. Đây là một intergenic miRNA. Trình tự miR-146b-5p nằm từ vị trí 102,436,520 đến 102,436,542 cĩ kích thước 23 nucleotide. Tương tự, miR-146b-3p nằm từ vị trí 102,436,557 đến 102,436,578 cĩ kích thước 22 nucleotide.
4. 8 Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 Thực hiện xác định cấu trúc của tiền miRNA-146b và miR-146b-5p và 3p bằng cơ sở dữ liệu miRbase (miRbase.org). Kết quả được thể hiện trong Hình 2. Hình 2. Cấu trúc và trình tự của MicroRNA 146b. (A) Cấu trúc kẹp tĩc của tiền MicroRNA 146b với trình tự miRNA trưởng thành của miR-146b-5p (màu xanh) và miR-146b-3p (màu đỏ). (B) Họ miR-146 gồm cĩ miR-146b và -146a. Những nucleotide khác nhau được tơ màu đen Tiền miRNA 146b cĩ cấu trúc kẹp tĩc dài 73 nucleotide với trình tự miRNA 146b-5p và 3p trưởng thành nằm trên vùng thân của kẹp tĩc của tiền miRNA-146b. MiRNA 146b thuộc họ với miR-146a. Về trình tự, miRNA-146a-5p và miRNA-146b-5p gần như tương đồng với nhau, chỉ khác 02 nucleotides. Ngược lại, miR-146a-3p và miR-146b-3p cĩ trình tự khá khác nhau và chỉ tương đồng 08 nucleotides. Tuy nhiên, do những nucleotide khác nhau của họ miR-146 phần lớn thuộc vùng gắn của miRNA lên vùng 3’ UTR (3’ untranslation region) của mRNA, những thành viên của họ miR-146 khơng cĩ chức năng tương đồng. 3.1.2. Vị trí seed site của miR-146b-5p MicroRNA thực hiện chức năng của chúng thơng qua gắn trực tiếp lên trên vùng 3’UTR của mRNA bằng trình tự seed site của chính nĩ. Cĩ 04 loại seed sites bao gồm 8mer, 7mer-A1, 7mer-m8 và 6mer. Hiệu quả ức chế của miRNA lên phân tử mRNA cĩ hiệu quả theo thứ tự giảm dần của 8mer > 7mer-A1, 7mer-m8 > 6mer. Chúng ta thực hiện xác định các seed site của miR- 146b-5p. Kết quả thể hiện như Hình 3. mRN A AGTTCTCA miRNA-146b-5p mRN A GTTCTCA miRNA-146b-5p mRN A AGTTCTC miRNA-146b-5p Hình 3. Sự bắt cặp của miRNA-146b-5p với mRNA thơng qua các seed sites. MiRNA146b-5p gắn vào mRNA từ vị trí nucleotide 01-08 của miRNA. Các vị trí bắt cặp được thể hiện bằng các vạch thẳng
5. Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 9 Các vị trí seed sites của miR-146b-5p gồm cĩ 8mer (AGTTCTCA), 7mer-A1 (GTTCTCA), 7mer -A8 (AGTTCTC), 6mer (GTTCTC). 3.1.3. Dự đốn chức năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp MicroRNA thuỷ phân mRNA. Do vậy, chức năng của miRNA phụ thuộc vào mức độ biểu hiện của mRNA trong một loại tế bào cụ thể. Chúng tơi đã cĩ cơ sở dữ liệu về mức độ biểu hiện của các gene trong tế bào khớp (chondrocyte) thơng qua giải trình tự thế hệ mới (next generation sequencing). Tiếp theo, tiến hành dự đốn chức năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp thơng qua kết hợp giữa phân tích xác định các vị trí seed site của miR-146b-5p trên mRNA với kết quả giải trình tự thế hệ mới các gene được biểu hiện trong tế bào khớp. Kết quả phân tích (Phụ lục, Bảng 1) cho thấy cĩ 328 gene là đích tiềm năng của miR- 146b-5p trong tế bào khớp. Những gene này cĩ mức biểu hiện tốt (từ trung bình đến cao) và cĩ vị trí gắn của miR-146b-5p trong vùng 3’UTR. Tiếp tục thực hiện phân tích chức năng của 328 gene tiềm năng ở trên bằng phần mềm David Bioinformatics Resources, một số chức năng quan trọng của miR-146b-5p trong các con đường truyền tín hiệu quan trọng trong tế bào khớp được tổng hợp trong Bảng 1. Bảng 1 Chức năng của các đích tiềm năng của miR-146b-5p STT Genes Tên gene Wnt signalling pathway 1 FZD1 Frizzled-1 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit 2 PPP2R5C gamma isoform 3 FZD3 Frizzled-3 4 BMPR1A Bone morphogenetic protein receptor type-1A 5 FZD9 Frizzled-9 6 PRKCE Protein kinase C epsilon type 7 HDAC8 Histone deacetylase 8 8 SIAH2 E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2 Notch signalling pathway 1 LFNG Beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase lunatic fringe 2 JAG1 Protein jagged-1 3 NUMB Protein numb homolog Toll receptor signalling pathway 1 TRAF6 TNF receptor-associated factor 6 2 IRAK1 Interleukin-1 receptor-associated kinase 1 P38 MAPK signaling pathway
6. 10 Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 STT Genes Tên gene 1 RAC1 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 2 TRAF6 TNF receptor-associated factor 6 Adhesion signalling 1 LPP Lipoma-preferred partner 2 CCN4 CCN family member 4 3 TLN Talin-2 3 NPTN Neuroplastin Apoptosis pathway 1 CASP7 Caspase-7 2 PRKCE Protein kinase C epsilon type Cadherin signalling pathway 1 FZD1 Frizzled-1 2 PTPN1 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 3 FZD3 Frizzled-3 4 FZD9 Frizzled-9 5 YES1 Tyrosine-protein kinase Yes Intergin signalling 1 CRK Adapter molecule crk 2 FLNA Filamin-A 3 RAC1 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 Anti apoptosis pathway 1 PRAMEF1 Family member 1(PRAMEF1) 2 STIL SCL/TAL1 interrupting locus 3 SIN3A SIN3 transcription regulator family member A 4 SIX4 SIX homeobox 4 5 TAF9B TATA-box binding protein associated factor 9b 6 TRAF6 TNF receptor associated factor 6 7 ANKLE2 Ankyrin repeat and LEM domain containing 2 8 FLNA Filamin A 9 HIPK3 Homeodomain interacting protein kinase 3 10 IFIT3 Interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 3 11 IRAK1 Interleukin 1 receptor associated kinase 1
7. Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 11 STT Genes Tên gene 12 ITCH Itchy E3 ubiquitin protein ligase 13 MED1 Mediator complex subunit 1 14 PRKAA2 Protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2 15 RARB Retinoic acid receptor beta 16 SIAH2 Siah E3 ubiquitin protein ligase 2 17 USP47 Ubiquitin specific peptidase 47 Nguồn: Kết quả xử lý dữ liệu của nhĩm tác giả MicroRNA 146b-5p cĩ thể tác động lên một số con đường truyền tín hiệu quan trọng trong tế bào khớp như Wnt signalling pathway (08 gene), Notch signalling pathway (03 gene), Toll like receptor sigalling pathway (02 gene), P38 MAPK signaling pathway (02 gene), Adhesion signalling (03 gene), Apoptosis pathway (02 gene), Cadherin signalling pathway (05 gene), Intergin signalling (03 gene), Anti apoptosis pathway (17 gene). 3.2. Thảo luận MicroRNAs lưu thơng trong máu là một phân tử quan trọng, cĩ thể sử dụng làm chỉ thị phân tử giúp phát hiện nhiều bệnh ở người do đã được chứng minh cĩ sự liên quan mật thiết đến tình trạng bệnh lý của bệnh nhân. Chúng tơi tìm thấy miR-146b-5p tăng trong huyết thanh của bệnh nhân THK ở Việt Nam. MicroRNA146b đã được chứng minh tăng biểu hiện trong tế bào chondrocyte trong bệnh THK (Budd, De Andrés, Sanchez-Elsner, & Oreffo, 2017). Tuy nhiên, tiềm năng sử dụng miRNA này như một cơng cụ hỗ trợ chẩn đốn vẫn chưa được xác định. Việc xác định chức năng của miR-146b-5p trong THK Việt Nam là một tiền đề để xây dựng phương pháp phát hiện sớm khi bệnh cịn ở giai đoạn đầu, chưa cĩ các biểu hiện lâm sàng. Tuy nhiên, hiện chức năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp vẫn chưa được xác định. Trong nghiên cứu này, kết hợp giữa phương pháp dự đốn bằng cơng cụ tin sinh học và kết quả giải trình tự thế hệ mới về các mRNA biểu hiện trong tế bào khớp cho thấy, miRNA-146b-5p cĩ thể tác động trực tiếp lên các con đường truyền tín hiệu quan trong của tế bào khớp như Wnt, Notch, Toll like receptor, P38 MAPK signaling pathway, Adhesion, Apoptosis, Cadherin, Intergin, Anti apoptosis signalling pathway. Sự bất hoạt của các con đường truyền tín hiệu này sẽ dấn đến các rối loại cho tế bào khớp và cuối cùng cĩ thể dẫn đến THK. Việc kết hợp giữa sử dụng kết quả giải trình tự và phân tích tin sinh học giúp dự đốn chức năng của miR-146b-5p chính xác cho tế bào khớp. Loại trừ được trường hợp các đích tiềm năng khơng cĩ sự biểu hiện. Ngồi chức năng miRNA-146b-5p trong tế bào khớp, chức năng của miR-146b-5p nĩi riêng và của miRNA tuần hồn nĩi chung cần được xác định trong bức tranh tổng thể khi được vận chuyển trong các bĩng màng để di chuyển trong máu và tới truyền thơng tin cho các tế bào nhận. Việc xác định chức năng tổng thể này cĩ thể được dự đốn thơng qua sử dụng các cơng cụ tin sinh học xác định tất cả các mRNA trong tế bào cĩ thể là đích tiềm năng của miRNA. 4. Kết luận và gợi ý MicroRNA-146b-5p cĩ thể tác động trực tiếp lên các con đường truyền tín hiệu quan trong của tế bào khớp như Wnt, Notch, Toll like, P38 MAPK signaling pathway, Adhesion,
8. 12 Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 Apoptosis, Cadherin, Intergin, Anti apoptosis signalling pathway. Các kết quả đc tiên đốn bằng in silico này cần đc khẳng định bằng thực nghiệm trong thời gian tới. LỜI CẢM ƠN Nghiên cứu này được tài trợ bởi Bộ Giáo dục và Đào tạo của Việt Nam và Đại học Mở TP.HCM đối ứng cho đề tài của Bộ Giáo Dục và Đào tạo. Mã số: B2019-MBS-11. Tài liệu tham khảo Ali, S. A., Gandhi, R., Potla, P., Keshavarzi, S., Espin-Garcia, O., Shestopaloff, K., . . . Perruccio, A. (2020). Sequencing identifies a distinct signature of circulating microRNAs in early radiographic knee osteoarthritis. Osteoarthritis and Cartilage, 28(11), 1471-1481. Bartel, D. P. (2004). MicroRNAs: Genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell, 116(2), 281-297. Budd, E., De Andrés, M. C., Sanchez-Elsner, T., & Oreffo, R. O. (2017). MiR-146b is down- regulated during the chondrogenic differentiation of human bone marrow derived skeletal stem cells and up-regulated in osteoarthritis. Scientific Reports, 7(1), 1-11. Chen, X., Ba, Y., Ma, L., Cai, X., Yin, Y., Wang, K., . . . Zhang, C. Y. (2008). Characterization of microRNAs in serum: A novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases. Cell Research, 18(10), 997-1006. doi:10.1038/cr.2008.282 Cuadra, V. M. B., González-Huerta, N. C., Romero-Cordoba, S., Hidalgo-Miranda, A., & Miranda-Duarte, A. (2014). Altered expression of circulating microRNA in plasma of patients with primary osteoarthritis and in silico analysis of their pathways. PloS One, 9(6), Article e97690. David Bioinformatics Resources. (n.d.). Bioinformatics databse. Retrieved March 15, 2021, from Díaz-Prado, S., Cicione, C., Muiđos-Lĩpez, E., Hermida-Gĩmez, T., Oreiro, N., Fernández- Lĩpez, C., & Blanco, F. J. (2012). Characterization of microRNA expression profiles in normal and osteoarthritic human chondrocytes. BMC Musculoskeletal Disorders, 13(1), 1- 14. Ensembl Genome browser. (n.d.). Retrieved March 10, 2021, from Ensembl Mobile Site. (n.d.). Retrieved March 16, 2021, from Feng, L., Feng, C., Wang, C. X., Xu, D. Y., Chen, J. J., Huang, J. F., . . . Shen, J. M. (2020). Circulating microRNA let 7e is decreased in knee osteoarthritis, accompanied by elevated apoptosis and reduced autophagy. International Journal of Molecular Medicine, 45(5), 1464-1476. Gantier, M. P., McCoy, C. E., Rusinova, I., Saulep, D., Wang, D., Xu, D., . . . Williams, B. R. (2011). Analysis of microRNA turnover in mammalian cells following Dicer1 ablation. Nucleic Acids Research, 39(13), 5692-5703. doi:10.1093/nar/gkr148 Guay, C., & Regazzi, R. (2013). Circulating microRNAs as novel biomarkers for diabetes mellitus. Nature Reviews Endocrinology, 9(9), 513-521. doi:10.1038/nrendo.2013.86
9. Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 13 Kong, R., Gao, J., Si, Y., & Zhao, D. (2017). Combination of circulating miR-19b-3p, miR-122- 5p and miR-486-5p expressions correlates with risk and disease severity of knee osteoarthritis. American Journal of Translational Research, 9(6), 2852-2864. Kumar, S., Vijayan, M., Bhatti, J. S., & Reddy, P. H. (2017). MicroRNAs as peripheral biomarkers in aging and age-related diseases. Progress in Molecular Biology and Translational Science, 146, 47-94. doi:10.1016/bs.pmbts.2016.12.013 Le, L. T., Swingler, T. E., Crowe, N., Vincent, T. L., Barter, M. J., Donell, S. T., . . . Clark, I. M. (2016). The microRNA-29 family in cartilage homeostasis and osteoarthritis. Journal of Molecular Medicine, 94(5), 583-596. miRBase (n.d.). Retrieved March 18, 2021, from Mitchell, P. S., Parkin, R. K., Kroh, E. M., Fritz, B. R., Wyman, S. K., Pogosova-Agadjanyan, E. L., . . . Tewari, M. (2008). Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection. Proceeding of the National Academy of Sciences of the United States of America, 105(30), 10513-10518. doi:10.1073/pnas.0804549105 Nakamura, Y., Inloes, J. B., Katagiri, T., & Kobayashi, T. (2011). Chondrocyte-specific microRNA-140 regulates endochondral bone development and targets Dnpep to modulate bone morphogenetic protein signaling. Molecular and Cellular Biology, 31(14), 3019- 3028. NCBI. (n.d.). Gene. Retrieved March 18, 2021, from Ntoumou, E., Tzetis, M., Braoudaki, M., Lambrou, G., Poulou, M., Malizos, K., . . . Tsezou, A. (2017). Serum microRNA array analysis identifies miR-140-3p, miR-33b-3p and miR- 671-3p as potential osteoarthritis biomarkers involved in metabolic processes. Clinical Epigenetics, 9(1), 1-15. Panther. (n.d.). Genes, genomes and orthologs. Retrieved March 18, 2021, from Rousseau, J. C., Millet, M., Croset, M., Sornay-Rendu, E., Borel, O., & Chapurlat, R. (2020). Association of circulating microRNAs with prevalent and incident knee osteoarthritis in women: the OFELY study. Arthritis Research & Therapy, 22(1), 1-12. Turchinovich, A., Samatov, T. R., Tonevitsky, A. G., & Burwinkel, B. (2013). Circulating miRNAs: Cell-Cell communication function? Frontiers in Genetics, 4(119), 1-10. doi:10.3389/fgene.2013.00119 Xie, W., Su, W., Xia, H., Wang, Z., Su, C., & Su, B. (2019). Synovial fluid microRNA-210 as a potential biomarker for early prediction of osteoarthritis. Bio Med Research International, 2019, 1-4. doi:10.1155/2019/7165406 PHỤ LỤC Bảng 1 Các mRNA là đích tiềm năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp STT Gene name Gene names 1 TRAF6 TNF receptor associated factor 6 2 IRAK1 interleukin 1 receptor associated kinase 1
10. 14 Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Cơng nghệ, 16(1), 5-24 STT Gene name Gene names 3 SEC23IP SEC23 interacting protein 4 WWC2 WW and C2 domain containing 2 5 PPP1R11 protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 11 6 BCORL1 BCL6 corepressor like 1 7 SORT1 sortilin 1 8 ZNF649 zinc finger protein 649 9 USP32 ubiquitin specific peptidase 32 10 NUMB NUMB, endocytic adaptor protein 11 PLSCR4 phospholipid scramblase 4 12 SRSF6 serine and arginine rich splicing factor 6 13 CARD10 caspase recruitment domain family member 10 14 SIAH2 siah E3 ubiquitin protein ligase 2 adaptor protein, phosphotyrosine interacting with PH domain and 15 APPL1 leucine zipper 1 16 ZNF652 zinc finger protein 652 17 SLC10A3 solute carrier family 10 member 3 18 MRS2 magnesium transporter MRS2 19 EIF4G2 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2 20 C9orf72 chromosome 9 open reading frame 72 21 ZNF354B zinc finger protein 354B 22 BRK1 BRICK1, SCAR/WAVE actin nucleating complex subunit 23 DCAF12 DDB1 and CUL4 associated factor 12 24 NEMP1 nuclear envelope integral membrane protein 1 25 POFUT2 protein O-fucosyltransferase 2 26 FBXW2 F-box and WD repeat domain containing 2 27 ZBTB2 zinc finger and BTB domain containing 2 28 ABL2 ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase 29 HNRNPD heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D 30 MMP16 matrix metallopeptidase 16 31 RHOBTB3 Rho related BTB domain containing 3 32 RARB retinoic acid receptor beta 33 HIPK3 homeodomain interacting protein kinase 3